完成自考本科所有科目的考试后，考生就可以开始申请毕业论文。大多数院校要求，只有所有课程考试合格后才能报名论文。也有学校规定通过多少课程就可以报考的，具体按照学校的要求报考。

毕业论文每年都有规定的时间，一般每年有两个时间点， 前半年一次(4月、5月)，后半年一次(大约11月、12月)，但也有个别学校的个别专业，一年一次。

考生需要在规定的时间内，登录所在省的教育考试院官网或所在院校的自考官网，进行毕业论文的网上申报。由于报名流程和具体操作步骤可能因地区和学校而异，考生应提前了解并熟悉各项流程。

学校收到论文指导费后，根据论文写作方向划分不同的分组并指定论文指导老师。老师会根据考生本人报考的专业要求，给选题的范围或者提供一定数量的题目供考生选择，考生的选题能否通过，都要导师决定才能开题。